細菌基因組完成圖真菌基因組完成圖微生物群落多樣性宏基因組測序服務全長轉錄組測序第三代測序服務非靶向代謝組學靶向代謝組學脂質組學離子組學脂肪酸檢測氨基酸檢測代謝組學服務定量蛋白質組服務雙向電泳服務修飾蛋白質組蛋白質芯片蛋白質譜鑒定蛋白互作檢測Western Blot蛋白質組學服務高通量測序數據分析蛋白質組學數據分析代謝組學數據分析芯片數據分析GO/Pathway富集分析相關性和聚類分析共表達網絡圖靶基因預測調控網絡圖蛋白相互作用網絡圖生物信息學服務CRISPR/Cas9載體構建穩定細胞系構建服務模式生物制備服務CRISPR/Cas9技術服務甲基化測序服務甲基化芯片服務甲基化驗證服務DNA甲基化服務lncRNA測序服務lncRNA芯片服務lncRNA定量PCR驗證lncRNA過表達服務lncRNA抑制服務lncRNA技術服務miRNA測序服務miRNA芯片服務miRNA定量PCR驗證miRNA過表達服務miRNA抑制服務miRNA靶基因驗證服務miRNA技術服務環狀RNA測序服務環狀RNA芯片服務環狀RNA定量PCR驗證環狀RNA過表達服務環狀RNA抑制服務環狀RNA技術服務轉錄組測序服務表達譜測序服務mRNA/lncRNA/環狀RNA 三合一芯片表達譜芯片服務熒光定量PCR驗證mRNA過表達服務mRNA抑制服務mRNA技術服務轉錄因子篩選服務抗體制備服務ChiP-Seq測序服務ChiP-qPCR技術服務EMSA技術服務luciferase 實驗服務轉錄因子技術服務mRNA定量PCR檢測miRNA定量PCR檢測lncRNA定量PCR檢測環狀RNA定量PCR檢測DNA拷貝數檢測相對定量PCR服務絕對定量PCR服務熒光定量PCR服務整體課題服務SNP分型檢測服務SSR/STR技術服務病毒包裝服務CRISPR/Cas9技術試劑miRNA功能研究試劑lncRNA功能研究試劑環狀RNA功能研究試劑mRNA功能研究試劑發表文獻樣品準備服務流程基金申請
ChiP-Seq測序服務
服務詳情

簡介

  染色質免疫共沉淀技術(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也稱結合位點分析法,是研究體內蛋白質與DNA 相互作用的有力工具,通常用于轉錄因子結合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將ChIP 與第二代測序技術相結合的ChIP-Seq 技術,能夠高效地檢測全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段。    

     ChIP-Seq 的原理是:首先通過染色質免疫共沉淀技術(ChIP)特異性地富集目的蛋白結合的DNA 片段,并對其進行純化與文庫構建;然后對富集得到的DNA片段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的數百萬條序列標簽精確定位到基因組上,從而獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA 區段信息。


一、技術路線

二、數據分析內容

1. 原始數據整理、過濾及質量評估

2. ChIP-Seq序列與參考基因組序列的比對

3. Peak Calling(統計每個樣品的Peak片段信息)

4. Peak注釋(根據已有的基因組數據庫注釋信息獲得所有Peak位點信息)

5. Motif預測、基因集分析

6. 全基因組范圍的峰值分布

7. 樣品間差異Peak分析

8. Peak相關基因的GO/Pathway分析

9. 基因組水平和感興趣區域的數據可視化

三、結果展示

          1、Peak長度分布


    2、Peak染色體分布



    3、Motif預測


    四、樣品要求

    1、質量要求:ChIP DNA OD 260/280應在1.8至2.0之間。DNA片段大小在100-500 bp范圍內,主帶明顯,建議在250 bp左右,同時請提供DNA打斷時的檢測膠圖。樣品最好經過ChIP-PCR驗證。

    2、濃度要求:樣品量≥50 ng,濃度≥10ng/μl。若單次ChIP后DNA量不夠,建議將2-3次ChIP的DNA合并在一起。