细菌基因组完成图真菌基因组完成图微生物群落多样性宏基因组测序服务全长转录组测序第三代测序服务非靶向代谢组学靶向代谢组学脂质组学离子组学脂肪酸检测氨基酸检测代谢组学服务定量蛋白质组服务双向电泳服务修饰蛋白质组蛋白质芯片蛋白质谱鉴定蛋白互作检测Western Blot蛋白质组学服务高通量测序数据分析蛋白质组学数据分析代谢组学数据分析芯片数据分析GO/Pathway富集分析相关性和聚类分析共表达网络图靶基因预测调控网络图蛋白相互作用网络图生物信息学服务CRISPR/Cas9载体构建稳定细胞系构建服务模式生物制备服务CRISPR/Cas9技术服务甲基化测序服务甲基化芯片服务甲基化验证服务DNA甲基化服务lncRNA测序服务lncRNA芯片服务lncRNA定量PCR验证lncRNA过表达服务lncRNA抑制服务lncRNA技术服务miRNA测序服务miRNA芯片服务miRNA定量PCR验证miRNA过表达服务miRNA抑制服务miRNA靶基因验证服务miRNA技术服务环状RNA测序服务环状RNA芯片服务环状RNA定量PCR验证环状RNA过表达服务环状RNA抑制服务环状RNA技术服务转录组测序服务表达谱测序服务mRNA/lncRNA/环状RNA 三合一芯片表达谱芯片服务荧光定量PCR验证mRNA过表达服务mRNA抑制服务mRNA技术服务转录因子筛选服务抗体制备服务ChiP-Seq测序服务ChiP-qPCR技术服务EMSA技术服务luciferase 实验服务转录因子技术服务mRNA定量PCR检测miRNA定量PCR检测lncRNA定量PCR检测环状RNA定量PCR检测DNA拷贝数检测相对定量PCR服务绝对定量PCR服务荧光定量PCR服务整体课题服务SNP分型检测服务SSR/STR技术服务病毒包装服务CRISPR/Cas9技术试剂miRNA功能研究试剂lncRNA功能研究试剂环状RNA功能研究试剂mRNA功能研究试剂发表文献样品准备服务流程基金申请
环状RNA测序服务
服务详情

简介

目前已经发现的环状RNA(circRNA)已多达十万种,当今通过筛选获取环状RNA(circRNA)主要有两种途径,一是高通量测序,二是芯片检测。高通量测序不仅通量大、信息准确,而且可以发现新的环状RNA,是目前筛选环状RNA最有效的方法。

测序流程

检测原理

通过高通量测序技术检测circRNA最关键的原理是寻找反向剪接的reads,即back-splicing reads。

数据分析内容

1、测序序列质量评估

2、基因组比对

3、CircRNA预测

4、CircRNA注释

5、CircRNA表达定量

6、CircRNA差异表达分析

7、CircRNA关联基因的GO/KEGG富集分析

8、CircRNA-miRNA靶向预测

9、CircRNA-miRNA网络构建

结果展示

1. circRNA预测及数目统计

   应用Memczak等的方法进行circRNA的预测。每个样本mapping到基因组各个染色体的reads以及back-splicing reads可以通过圈图展示,如下:

基因组比对分布图

说明:以1K的窗口得出基因组的一个覆盖分布,图中最外圈为基因组,里面每一个圈表示一个样本的染色体reads覆盖,其中红色代表该样本中back-splicing reads的覆盖情况。

   对所有预测获得的circRNA与circBase数据库的已知circRNA的位置信息进行比较,可以区分出新预测出来的novel circRNA和已知的known circRNA,统计如下:

samples
total circRNA
known circRNA(overlap with circBASE)
overlap ratio
novel circRNA
case
35,135
11,513
32.77%
23,622
control
39,569
11,995
30.31%
27,574

2. circRNA表达定量及差异分析

   目前,对于绝大多数的circRNA而言都无法获得其完整的序列,因此只能用circRNA的back-splicing位点处的junction reads来计算其表达量,这里我们采用SRPBM对reads进行归一化处理。用edgeR软件计算筛选差异表达的circRNA,得出p-value后进行多重假设检验校正,通过控制FDR(False Discovery Rate)来决定p-value的阈值,校正后的p-value即q-value。差异circRNA的散点图和火山图如下:

3. circRNA关联基因的GO和KEGG富集分析

    根据circRNA的位置信息,可以获得与circRNA所在基因组位置上相关联的蛋白编码基因,然后我们对差异circRNA所对应的基因进行GO和KEGG富集分析图如下:

4. circRNA-miRNA靶向预测及网络构建

用miRanda软件预测差异表达circRNA与miRNA的靶向结合关系,并绘制网络图。如下:

案例分析

1、鼠脑及神经组织进行 circRNA 测序,发现17个差异表达的circRNA的表达和其对应mRNA的表达是相对独立的。如下图:

2、研究发现 circular RNA 的生成依赖于5' 剪切位点的7 bp 和3' 剪切位点的11 bp 核心保守序列。如下图:

样品要求

1、总RNA:浓度≥200 ng/μl,总量≥20 μg;

2、组织样品:动物、植物、微生物总量大于400 mg的新鲜样品。

3、血液4ml以上,血清2ml以上。

4、保存在超低温冰箱中,利用干冰运输。

参考文献

1、Memczak S, Jens M,Elefsinioti A, Torti F, Krueger J, Rybak A, Maier L, Mackowiak SD, GregersenLH, Munschauer M, Loewer A, Ziebold U, Landthaler M, Kocks C, le Noble F,Rajewsky N. Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatorypotency.Nature. 2013 Mar 21;495(7441):333-8.

2、Hansen TB, Jensen TI,Clausen BH, Bramsen JB, Finsen B, Damgaard CK, Kjems J.

Natural RNA circles function as efficientmicroRNA sponges.Nature. 2013 Mar 21;495(7441):384-8.

3、Xiao-Ou Zhang, Hai-Bin Wang, Yang Zhang, Xuhua Lu, Ling-Ling Chen, Li Yang. Complementary Sequence-Mediated Exon Circularization. Cell, September 18, 2014; DOI:10.1016/j.cell.2014.09.001

4、Zhang Y, Zhang X O, Chen T, et al. Circular intronic long noncoding RNAs[J]. Molecular cell, 2013, 51(6): 792-806. 5、YRybak-Wolf A, Stottmeister C, Gla?ar P, et al. Circular RNAs in the Mammalian Brain Are Highly Abundant, Conserved, and Dynamically Expressed [J]. Molecular Cell, 2015, 58:870–885.

6、Zhang Y, Yang L, Chen L, et al. Circular Intronic Long Noncoding RNAs [J]. Molecular Cell. 2013, 51(6):792–806.