细菌基因组完成图真菌基因组完成图微生物群落多样性宏基因组测序服务全长转录组测序第三代测序服务非靶向代谢组学靶向代谢组学脂质组学离子组学脂肪酸检测氨基酸检测代谢组学服务定量蛋白质组服务双向电泳服务修饰蛋白质组蛋白质芯片蛋白质谱鉴定蛋白互作检测Western Blot蛋白质组学服务高通量测序数据分析蛋白质组学数据分析代谢组学数据分析芯片数据分析GO/Pathway富集分析相关性和聚类分析共表达网络图靶基因预测调控网络图蛋白相互作用网络图生物信息学服务CRISPR/Cas9载体构建稳定细胞系构建服务模式生物制备服务CRISPR/Cas9技术服务甲基化测序服务甲基化芯片服务甲基化验证服务DNA甲基化服务lncRNA测序服务lncRNA芯片服务lncRNA定量PCR验证lncRNA过表达服务lncRNA抑制服务lncRNA技术服务miRNA测序服务miRNA芯片服务miRNA定量PCR验证miRNA过表达服务miRNA抑制服务miRNA靶基因验证服务miRNA技术服务环状RNA测序服务环状RNA芯片服务环状RNA定量PCR验证环状RNA过表达服务环状RNA抑制服务环状RNA技术服务转录组测序服务表达谱测序服务mRNA/lncRNA/环状RNA 三合一芯片表达谱芯片服务荧光定量PCR验证mRNA过表达服务mRNA抑制服务mRNA技术服务转录因子筛选服务抗体制备服务ChiP-Seq测序服务ChiP-qPCR技术服务EMSA技术服务luciferase 实验服务转录因子技术服务mRNA定量PCR检测miRNA定量PCR检测lncRNA定量PCR检测环状RNA定量PCR检测DNA拷贝数检测相对定量PCR服务绝对定量PCR服务荧光定量PCR服务整体课题服务SNP分型检测服务SSR/STR技术服务病毒包装服务CRISPR/Cas9技术试剂miRNA功能研究试剂lncRNA功能研究试剂环状RNA功能研究试剂mRNA功能研究试剂发表文献样品准备服务流程基金申请
lncRNA芯片服务
服务详情

   简介

  长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA) 指的是长度在200-100000 nt之间的RNA分子。它们不编码蛋白,但参与细胞内多种过程调控。人们对lncRNA的认识还处在初级阶段,lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”,是RNA聚合酶II转录的副产物,不具有生物学功能。然而,近年来的研究表明,lncRNA参与了X染色体沉默,基因组印记以及染色质修饰,转录激活,转录干扰,核内运输等多种重要的调控过程,lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。lncRNA的种类远远超过编码RNA,哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生的转录本是lncRNA(相应的蛋白编码RNA的比例是1%-5%)。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点。

      lncRNA研究的重要一步是发现与特定疾病相关的lncRNA。传统的lncRNA筛选方法(SELEX等)效率低下,假阳性率高。而基因芯片具有覆盖全面、高效、准确的特点,因此用基因芯片来筛选lncRNA是一种准确快捷的方法。

  言行生物提供全套lncRNA芯片服务,同时检测lncRNA和mRNA。

    一、芯片种类

    人类 lncRNA芯片服务:芯片上包含共计约 40916 种 lncRNA 检测探针和 34235 种 mRNA 检测探针;

    小鼠 lncRNA 芯片包含共计 58809 条 lncRNA 检测探针和 39027 条 mRNA 检测探针;

    大鼠 lncRNA 芯片包含共计 22020 条 lncRNA 检测探针和 30254 条 mRNA 检测探针。

    二、芯片特点

    A、最新最全面的lncRNA序列数据库来源

    体育彩票36选7开奖查询 www.xhkvu.com B、严格的序列整合分析和高度特异性探针设计

    C、lncRNA和mRNA同时全面检测

    D、检测可靠,重复性好

    三、结果示例

    1、lncRNA和mRNA聚类分析图


        


    2、lncRNA和mRNA共表达网络图(左边为所有lncRNA,右边为单个lncRNA)


      

                                                   

    3、LncRNA 靶基因预测

    基于位置和序列预测lncRNA 调控机制分为顺式 (cis-)调控和反式(trans-)调控。寻找基因组位置在10kb 之内的 lncRNA-mRNA(cis-),以及lncRNA和mRNA(3' UTR)序列相似的lncRNA-mRNA对(trans-)。


    4、靶基因的GO/Pathway分析


    5、转录因子预测

    采用转录因子预测工具,对lncRNA的转录起始位点上游2000bp到下游500bp区域进行转录因子预测;基于转录因子蛋白的ChiP-Seq实验数据,可对6个物种的lncRNA进行转录因子预测。




    6、LncRNA 和 miRNA 整合分析

    根据已知 miRNA-lncRNA 调控数据库,对差异表达或者客户感兴趣的miRNA绘制 miRNA-lncRNA 共表达网络和 miRNA-lncRNA调控网络。


    、样品要求

    1、总RNA:浓度≥200 ng/μl,总量≥10 μg;

    2、组织样品动物、植物、微生物总量大于300 mg的新鲜样品,细胞大于1×107,血液大于2ml。采样后将立即用RNAlater处理或液氮速冻,保存于-80℃,送样时使用干冰运输。

    、参考文献

    1、Amaral PP, Clark MB, Gascoigne DK, Dinger ME, Mattick JS (2011). lncRNAdb: a reference database for long noncoding RNAs. Nucleic Acids Res 39: D146-151.

    2、Pruitt KD, Tatusova T, Maglott DR. NCBI reference sequences (RefSeq): a curated non-redundant sequence database of genomes, transcripts and proteins. Nucleic Acids Res. 2007 Jan;35(Database issue):D61-5. Epub 2006 Nov 27.

    3、Rinn,J.L.,et al.,Functional demarcation of active and silent chromatin domains in human HOX loci by noncoding RNAs. Cell,2007.129(7):p.1311 23.