細菌基因組完成圖真菌基因組完成圖微生物群落多樣性宏基因組測序服務全長轉錄組測序第三代測序服務非靶向代謝組學靶向代謝組學脂質組學離子組學脂肪酸檢測氨基酸檢測代謝組學服務定量蛋白質組服務雙向電泳服務修飾蛋白質組蛋白質芯片蛋白質譜鑒定蛋白互作檢測Western Blot蛋白質組學服務高通量測序數據分析蛋白質組學數據分析代謝組學數據分析芯片數據分析GO/Pathway富集分析相關性和聚類分析共表達網絡圖靶基因預測調控網絡圖蛋白相互作用網絡圖生物信息學服務CRISPR/Cas9載體構建穩定細胞系構建服務模式生物制備服務CRISPR/Cas9技術服務甲基化測序服務甲基化芯片服務甲基化驗證服務DNA甲基化服務lncRNA測序服務lncRNA芯片服務lncRNA定量PCR驗證lncRNA過表達服務lncRNA抑制服務lncRNA技術服務miRNA測序服務miRNA芯片服務miRNA定量PCR驗證miRNA過表達服務miRNA抑制服務miRNA靶基因驗證服務miRNA技術服務環狀RNA測序服務環狀RNA芯片服務環狀RNA定量PCR驗證環狀RNA過表達服務環狀RNA抑制服務環狀RNA技術服務轉錄組測序服務表達譜測序服務mRNA/lncRNA/環狀RNA 三合一芯片表達譜芯片服務熒光定量PCR驗證mRNA過表達服務mRNA抑制服務mRNA技術服務轉錄因子篩選服務抗體制備服務ChiP-Seq測序服務ChiP-qPCR技術服務EMSA技術服務luciferase 實驗服務轉錄因子技術服務mRNA定量PCR檢測miRNA定量PCR檢測lncRNA定量PCR檢測環狀RNA定量PCR檢測DNA拷貝數檢測相對定量PCR服務絕對定量PCR服務熒光定量PCR服務整體課題服務SNP分型檢測服務SSR/STR技術服務病毒包裝服務CRISPR/Cas9技術試劑miRNA功能研究試劑lncRNA功能研究試劑環狀RNA功能研究試劑mRNA功能研究試劑發表文獻樣品準備服務流程基金申請
lncRNA芯片服務
服務詳情

   簡介

  長鏈非編碼RNA(long noncoding RNA, lncRNA) 指的是長度在200-100000 nt之間的RNA分子。它們不編碼蛋白,但參與細胞內多種過程調控。人們對lncRNA的認識還處在初級階段,lncRNA起初被認為是基因組轉錄的“噪音”,是RNA聚合酶II轉錄的副產物,不具有生物學功能。然而,近年來的研究表明,lncRNA參與了X染色體沉默,基因組印記以及染色質修飾,轉錄激活,轉錄干擾,核內運輸等多種重要的調控過程,lncRNA的這些調控作用也開始引起人們廣泛的關注。lncRNA的種類遠遠超過編碼RNA,哺乳動物基因組序列中4%~9%的序列產生的轉錄本是lncRNA(相應的蛋白編碼RNA的比例是1%-5%)。lncRNA已經成為非編碼RNA研究領域的一個熱點。

      lncRNA研究的重要一步是發現與特定疾病相關的lncRNA。傳統的lncRNA篩選方法(SELEX等)效率低下,假陽性率高。而基因芯片具有覆蓋全面、高效、準確的特點,因此用基因芯片來篩選lncRNA是一種準確快捷的方法。

  言行生物提供全套lncRNA芯片服務,同時檢測lncRNA和mRNA。

    一、芯片種類

    人類 lncRNA芯片服務:芯片上包含共計約 40916 種 lncRNA 檢測探針和 34235 種 mRNA 檢測探針;

    小鼠 lncRNA 芯片包含共計 58809 條 lncRNA 檢測探針和 39027 條 mRNA 檢測探針;

    大鼠 lncRNA 芯片包含共計 22020 條 lncRNA 檢測探針和 30254 條 mRNA 檢測探針。

    二、芯片特點

    A、最新最全面的lncRNA序列數據庫來源

    B、嚴格的序列整合分析和高度特異性探針設計

    C、lncRNA和mRNA同時全面檢測

    D、檢測可靠,重復性好

    三、結果示例

    1、lncRNA和mRNA聚類分析圖


        


    2、lncRNA和mRNA共表達網絡圖(左邊為所有lncRNA,右邊為單個lncRNA)


      

                                                   

    3、LncRNA 靶基因預測

    基于位置和序列預測lncRNA 調控機制分為順式 (cis-)調控和反式(trans-)調控。尋找基因組位置在10kb 之內的 lncRNA-mRNA(cis-),以及lncRNA和mRNA(3' UTR)序列相似的lncRNA-mRNA對(trans-)。


    4、靶基因的GO/Pathway分析


    5、轉錄因子預測

    采用轉錄因子預測工具,對lncRNA的轉錄起始位點上游2000bp到下游500bp區域進行轉錄因子預測;基于轉錄因子蛋白的ChiP-Seq實驗數據,可對6個物種的lncRNA進行轉錄因子預測。




    6、LncRNA 和 miRNA 整合分析

    根據已知 miRNA-lncRNA 調控數據庫,對差異表達或者客戶感興趣的miRNA繪制 miRNA-lncRNA 共表達網絡和 miRNA-lncRNA調控網絡。


    、樣品要求

    1、總RNA:濃度≥200 ng/μl,總量≥10 μg;

    2、組織樣品動物、植物、微生物總量大于300 mg的新鮮樣品,細胞大于1×107,血液大于2ml。采樣后將立即用RNAlater處理或液氮速凍,保存于-80℃,送樣時使用干冰運輸。

    、參考文獻

    1、Amaral PP, Clark MB, Gascoigne DK, Dinger ME, Mattick JS (2011). lncRNAdb: a reference database for long noncoding RNAs. Nucleic Acids Res 39: D146-151.

    2、Pruitt KD, Tatusova T, Maglott DR. NCBI reference sequences (RefSeq): a curated non-redundant sequence database of genomes, transcripts and proteins. Nucleic Acids Res. 2007 Jan;35(Database issue):D61-5. Epub 2006 Nov 27.

    3、Rinn,J.L.,et al.,Functional demarcation of active and silent chromatin domains in human HOX loci by noncoding RNAs. Cell,2007.129(7):p.1311 23.