細菌基因組完成圖真菌基因組完成圖微生物群落多樣性宏基因組測序服務全長轉錄組測序第三代測序服務非靶向代謝組學靶向代謝組學脂質組學離子組學脂肪酸檢測氨基酸檢測代謝組學服務定量蛋白質組服務雙向電泳服務修飾蛋白質組蛋白質芯片蛋白質譜鑒定蛋白互作檢測Western Blot蛋白質組學服務高通量測序數據分析蛋白質組學數據分析代謝組學數據分析芯片數據分析GO/Pathway富集分析相關性和聚類分析共表達網絡圖靶基因預測調控網絡圖蛋白相互作用網絡圖生物信息學服務CRISPR/Cas9載體構建穩定細胞系構建服務模式生物制備服務CRISPR/Cas9技術服務甲基化測序服務甲基化芯片服務甲基化驗證服務DNA甲基化服務lncRNA測序服務lncRNA芯片服務lncRNA定量PCR驗證lncRNA過表達服務lncRNA抑制服務lncRNA技術服務miRNA測序服務miRNA芯片服務miRNA定量PCR驗證miRNA過表達服務miRNA抑制服務miRNA靶基因驗證服務miRNA技術服務環狀RNA測序服務環狀RNA芯片服務環狀RNA定量PCR驗證環狀RNA過表達服務環狀RNA抑制服務環狀RNA技術服務轉錄組測序服務表達譜測序服務mRNA/lncRNA/環狀RNA 三合一芯片表達譜芯片服務熒光定量PCR驗證mRNA過表達服務mRNA抑制服務mRNA技術服務轉錄因子篩選服務抗體制備服務ChiP-Seq測序服務ChiP-qPCR技術服務EMSA技術服務luciferase 實驗服務轉錄因子技術服務mRNA定量PCR檢測miRNA定量PCR檢測lncRNA定量PCR檢測環狀RNA定量PCR檢測DNA拷貝數檢測相對定量PCR服務絕對定量PCR服務熒光定量PCR服務整體課題服務SNP分型檢測服務SSR/STR技術服務病毒包裝服務CRISPR/Cas9技術試劑miRNA功能研究試劑lncRNA功能研究試劑環狀RNA功能研究試劑mRNA功能研究試劑發表文獻樣品準備服務流程基金申請
lncRNA測序服務
服務詳情

簡介

  長鏈非編碼RNAsLong non-coding RNAs,LncRNAs)是一類長度大于200 nt且不編碼蛋白質的RNAs(不含rRNA),廣泛存在于各種生物體內。LncRNAs參與表觀遺傳、轉錄以及轉錄后等多水平的調控過程,在生命活動中具有重要作用。言行生物推出的LncRNA測序服務,使用高通量測序技術結合先進的生物信息學分析,一次性獲得樣本中幾乎全部的LncRNAmRNA信息,為您全面、深入地研究LncRNA的功能提供了全新的工具。


一、技術路線

二、生物信息分析

1. 基本數據統計

1.1 去除接頭序列、低質量序列得到clean data

1.2 與核糖體數據庫比對,去除核糖體RNA數據

2. LncRNA鑒定

2.1 轉錄本組裝

2.2 鑒定已知轉錄本和新轉錄本

2.3 預測新的LncRNA

3. LncRNA定量及差異表達分析

3.1 LncRNA定量及差異分析

3.2 組間差異分析

3.3 LncRNA差異表達聚類分析

4. LncRNA靶基因預測

4.1差異lncRNA靶基因預測

4.2差異lncRNA靶基因的GO analysis

4.3差異lncRNA靶基因的pathway analysis

5. lncRNA-mRNA 共表達網絡構建

6.mRNA相關分析

、結果展示

1、細胞特異性表達的lncRNA統計


2、LncRNA在染色體上的分布


3、lncRNA和mRNA共表達網絡圖(上圖為所有lncRNA,下圖為單個lncRNA)


4、LncRNA的靶基因預測

基于位置和序列預測:lncRNA調控機制分為順式 (cis-)調控和反式(trans-)調控。尋找基因組位置在10kb 之內的 lncRNA-mRNA對(cis-),以及lncRNA和mRNA(3'UTR)序列相似的lncRNA-mRNA對(trans-)。



、樣品要求

1、總RNA:濃度≥200 ng/μl,總量≥10 μg;

2、組織樣品:動物、植物、微生物總量大于300 mg的新鮮樣品,細胞大于1×107個,血液大于2ml。采樣后將立即用RNAlater處理或液氮速凍,保存于-80℃,送樣時使用干冰運輸。

、參考文獻

1、Paralkar V R, Mishra T, Luan J, et al. Lineage and species-specific long noncoding RNAs during erythro-megakaryocytic development[J]. Blood, 2014, 123(12): 1927-1937.

2、Li L, Eichten S R, Shimizu R, et al. Genome-wide discovery and characterization of maize long non-coding RNAs [J]. Genome biology, 2014, 15(2): R40.