细菌基因组完成图真菌基因组完成图微生物群落多样性宏基因组测序服务全长转录组测序第三代测序服务非靶向代谢组学靶向代谢组学脂质组学离子组学脂肪酸检测氨基酸检测代谢组学服务定量蛋白质组服务双向电泳服务修饰蛋白质组蛋白质芯片蛋白质谱鉴定蛋白互作检测Western Blot蛋白质组学服务高通量测序数据分析蛋白质组学数据分析代谢组学数据分析芯片数据分析GO/Pathway富集分析相关性和聚类分析共表达网络图靶基因预测调控网络图蛋白相互作用网络图生物信息学服务CRISPR/Cas9载体构建稳定细胞系构建服务模式生物制备服务CRISPR/Cas9技术服务甲基化测序服务甲基化芯片服务甲基化验证服务DNA甲基化服务lncRNA测序服务lncRNA芯片服务lncRNA定量PCR验证lncRNA过表达服务lncRNA抑制服务lncRNA技术服务miRNA测序服务miRNA芯片服务miRNA定量PCR验证miRNA过表达服务miRNA抑制服务miRNA靶基因验证服务miRNA技术服务环状RNA测序服务环状RNA芯片服务环状RNA定量PCR验证环状RNA过表达服务环状RNA抑制服务环状RNA技术服务转录组测序服务表达谱测序服务mRNA/lncRNA/环状RNA 三合一芯片表达谱芯片服务荧光定量PCR验证mRNA过表达服务mRNA抑制服务mRNA技术服务转录因子筛选服务抗体制备服务ChiP-Seq测序服务ChiP-qPCR技术服务EMSA技术服务luciferase 实验服务转录因子技术服务mRNA定量PCR检测miRNA定量PCR检测lncRNA定量PCR检测环状RNA定量PCR检测DNA拷贝数检测相对定量PCR服务绝对定量PCR服务荧光定量PCR服务整体课题服务SNP分型检测服务SSR/STR技术服务病毒包装服务CRISPR/Cas9技术试剂miRNA功能研究试剂lncRNA功能研究试剂环状RNA功能研究试剂mRNA功能研究试剂发表文献样品准备服务流程基金申请
lncRNA测序服务
服务详情

简介

  长链非编码RNAsLong non-coding RNAs,LncRNAs)是一类长度大于200 nt且不编码蛋白质的RNAs(不含rRNA),广泛存在于各种生物体内。LncRNAs参与表观遗传、转录以及转录后等多水平的调控过程,在生命活动中具有重要作用。言行生物推出的LncRNA测序服务,使用高通量测序技术结合先进的生物信息学分析,一次性获得样本中几乎全部的LncRNAmRNA信息,为您全面、深入地研究LncRNA的功能提供了全新的工具。


一、技术路线

二、生物信息分析

1. 基本数据统计

1.1 去除接头序列、低质量序列得到clean data

1.2 与核糖体数据库比对,去除核糖体RNA数据

2. LncRNA鉴定

2.1 转录本组装

2.2 鉴定已知转录本和新转录本

2.3 预测新的LncRNA

3. LncRNA定量及差异表达分析

3.1 LncRNA定量及差异分析

3.2 组间差异分析

3.3 LncRNA差异表达聚类分析

4. LncRNA靶基因预测

4.1差异lncRNA靶基因预测

4.2差异lncRNA靶基因的GO analysis

4.3差异lncRNA靶基因的pathway analysis

5. lncRNA-mRNA 共表达网络构建

6.mRNA相关分析

、结果展示

1、细胞特异性表达的lncRNA统计


2、LncRNA在染色体上的分布


3、lncRNA和mRNA共表达网络图(上图为所有lncRNA,下图为单个lncRNA)


4、LncRNA的靶基因预测

基于位置和序列预测:lncRNA调控机制分为顺式 (cis-)调控和反式(trans-)调控。寻找基因组位置在10kb 之内的 lncRNA-mRNA对(cis-),以及lncRNA和mRNA(3'UTR)序列相似的lncRNA-mRNA对(trans-)。



、样品要求

1、总RNA:浓度≥200 ng/μl,总量≥10 μg;

2、组织样品:动物、植物、微生物总量大于300 mg的新鲜样品,细胞大于1×107个,血液大于2ml。采样后将立即用RNAlater处理或液氮速冻,保存于-80℃,送样时使用干冰运输。

、参考文献

1、Paralkar V R, Mishra T, Luan J, et al. Lineage and species-specific long noncoding RNAs during erythro-megakaryocytic development[J]. Blood, 2014, 123(12): 1927-1937.

2、Li L, Eichten S R, Shimizu R, et al. Genome-wide discovery and characterization of maize long non-coding RNAs [J]. Genome biology, 2014, 15(2): R40.