细菌基因组完成图真菌基因组完成图微生物群落多样性宏基因组测序服务全长转录组测序第三代测序服务非靶向代谢组学靶向代谢组学脂质组学离子组学脂肪酸检测氨基酸检测代谢组学服务定量蛋白质组服务双向电泳服务修饰蛋白质组蛋白质芯片蛋白质谱鉴定蛋白互作检测Western Blot蛋白质组学服务高通量测序数据分析蛋白质组学数据分析代谢组学数据分析芯片数据分析GO/Pathway富集分析相关性和聚类分析共表达网络图靶基因预测调控网络图蛋白相互作用网络图生物信息学服务CRISPR/Cas9载体构建稳定细胞系构建服务模式生物制备服务CRISPR/Cas9技术服务甲基化测序服务甲基化芯片服务甲基化验证服务DNA甲基化服务lncRNA测序服务lncRNA芯片服务lncRNA定量PCR验证lncRNA过表达服务lncRNA抑制服务lncRNA技术服务miRNA测序服务miRNA芯片服务miRNA定量PCR验证miRNA过表达服务miRNA抑制服务miRNA靶基因验证服务miRNA技术服务环状RNA测序服务环状RNA芯片服务环状RNA定量PCR验证环状RNA过表达服务环状RNA抑制服务环状RNA技术服务转录组测序服务表达谱测序服务mRNA/lncRNA/环状RNA 三合一芯片表达谱芯片服务荧光定量PCR验证mRNA过表达服务mRNA抑制服务mRNA技术服务转录因子筛选服务抗体制备服务ChiP-Seq测序服务ChiP-qPCR技术服务EMSA技术服务luciferase 实验服务转录因子技术服务mRNA定量PCR检测miRNA定量PCR检测lncRNA定量PCR检测环状RNA定量PCR检测DNA拷贝数检测相对定量PCR服务绝对定量PCR服务荧光定量PCR服务整体课题服务SNP分型检测服务SSR/STR技术服务病毒包装服务CRISPR/Cas9技术试剂miRNA功能研究试剂lncRNA功能研究试剂环状RNA功能研究试剂mRNA功能研究试剂发表文献样品准备服务流程基金申请
全长转录组测序
服务详情

  简介

   转录组研究是理解生物机体功能的一个重要途径。传统二代转录组测序无法直接获得单个RNA分子由5ˊ到3ˊ的全部序列?;赑acBio三代测序平台的转录组研究,无需打断,直接读取反转录的全长cDNA,能够有效的获取高质量的单个RNA分子的全部序列,准确辨别二代测序无法识别的同源异构体(isoform)、同源基因、超家族基因或等位基因表达的转录本。

  对于人类以及动植物样本,转录本长度分布会存在一定差异,一般情况下建议构建四个不同长度的文库:1.0-2.0Kb;2.0-3.0Kb;3.0-6.0Kb;>6.0Kb,然后针对每个文库,建议至少测序2个SMRT Cell的数据量;如需获得较为全面的isoform信息,则建议至少测序8个SMRT Cell的数据量进行分析。

   技术优势

     1. 直接测序即可获得全长转录组序列信息,one read=one full lengh transcript;

      2. 转录本序列无需拼接;

      3. 获得全面的可变剪切、融合基因以及Isoform信息。

    结果展示

    1、可变剪接

    全长转录组的分析结果明确地体现了可变剪接的各种形式,比二代转录组预测的结果要更加精确和丰富。


    2、融合基因

    全长转录组的融合基因分析结果(图中的蓝色部分),相比于基于基因组注释的预测结果(绿色部分),全长转录组准确地定位了融合基因的存在。


    3、精确定量异构体(Isoform)的表达量

    全长转录组可精确分析同一基因的若干异构体的表达量,由多个红点表示;二代转绿组由于不能很好地分辨异构体,只能笼统地基于异构体预测结果进行定量,仅由1-2个绿点表示。

    案例分析

    目前已经采用PacBio RS II平台开展Iso-Seq项目的物种有:人类基因组全长转录本研究(Nature Biotechnology, 2013),人类胚胎肝细胞全长转录本项目研究(PNAS, 2013),淋巴细胞全长转录本研究(PNAS, 2014),小面筋蛋白基因isoform测序分析(Gene, 2014),全长转录本测序鉴定鸡的新的Isoform信息(PLOS ONE, 2014),小嘴狐猴全长转录本研究(BMC Genomics, 2014),欧洲乌贼全场转录本研究(PAGXIII, 2015),牛NK-Lysin基因家族Iso-Seq测序分析(PAGXIII, 2015),挪威云杉全长转录本测序完善基因组注释信息(conference PPT, 2014)。

    样品要求

    1. 总RNA:浓度≥200 ng/μl,总量≥10 μg;OD260/280介于1.8-2.2之间,OD260/230值应≥2.0。电泳检测28S:18S至少大于1.5;并确保RNA无降解,无污染。

    2. 组织样品:动物、植物、微生物总量大于500 mg的新鲜样品(植物材料应尽量选取幼嫩部位)。采样后将样品立即用RNAlater和液氮速冻,保存于-80℃(保存期不超过一个月),送样时使用干冰运输(不超过72 h);提取RNA后经变性电泳,保证各RNA条带清晰、比例适中、完整性好、无降解。特别要求样品分成3份,方便后续提取,避免同一份样品反复冻融造成样品降解。

    3. 细胞样品:先使用TRIzol试剂进行处理,每0.25 mL样品(5-10×106个细胞)加入0.75 mL TRIzol试剂(可参考TRIzol试剂说明书),于-80℃保存,并提供2-3份该样品。原则上不接收未经TRIzol处理的细胞样品。

    4. 样品保存期间切忌反复冻融。5. 送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。


    参考文献

    1、Kim C. Worley et al. (2015) European Cuttlefish Whole Transcriptome Sequencing: A Single-Molecule Full Length Transcript Survey with Iso-Seq Method (2015, PAGXIII, San Diego, CA).

    2、Iain C Macaulay et al. (2015) G&t-seq: parallel sequencing of single-cell genomes and transcriptomes. Nature Methods.

    3、Michiel van Eijk (2015) Genome assembly and Iso-Seq transcriptome sequencing of tetraploid cotton(2015. PAGXIII, San Diego, CA).

    4、Jianhai Xiang et al. (2015) A Survey of Potential Antiviral Targets for the Pacific Whiteleg Shrimp Litopenaeus vannamei from RNAseq Transcriptome.( PAG Aisa Singapore).

    5、Junfeng Chen et al. (2015) Genomic Organization and Expression of the Bovine NK-Lysin Gene Family. (2015, PAGXIII, San Diego, CA).

    6、Wei Zhang et al. (2014) PacBio sequencing of gene families — A case study with wheat gluten genes. Gene.

    7、Elizabeth Tseng et al. (2014) Isoform Sequencing: Unveiling the Complex Landscape of the Eukaryotic Transcriptome on the PacBio? RS II.Pacific Bioscience.

    8、Sean Thomas et al. (2014) Long-Read Sequencing of Chicken Transcripts and Identification of New Transcript Isoforms. PLOS One.

    9、Yao-Cheng Lin et al. (2014) PacBio Single Molecule Sequencing to Improve the Norway Spruce Genome Annotation.

    10、Hagen Tilgner et al. (2014) Defining a personal, allele-specific, and single-molecule long-read transcriptome. PNAS.

    11、Peter A Larsen et al. (2014) The utility of PacBio circular consensus sequencing for characterizing complex gene families in non-model organisms. BMC Genomics.