細菌基因組完成圖真菌基因組完成圖微生物群落多樣性宏基因組測序服務全長轉錄組測序第三代測序服務非靶向代謝組學靶向代謝組學脂質組學離子組學脂肪酸檢測氨基酸檢測代謝組學服務定量蛋白質組服務雙向電泳服務修飾蛋白質組蛋白質芯片蛋白質譜鑒定蛋白互作檢測Western Blot蛋白質組學服務高通量測序數據分析蛋白質組學數據分析代謝組學數據分析芯片數據分析GO/Pathway富集分析相關性和聚類分析共表達網絡圖靶基因預測調控網絡圖蛋白相互作用網絡圖生物信息學服務CRISPR/Cas9載體構建穩定細胞系構建服務模式生物制備服務CRISPR/Cas9技術服務甲基化測序服務甲基化芯片服務甲基化驗證服務DNA甲基化服務lncRNA測序服務lncRNA芯片服務lncRNA定量PCR驗證lncRNA過表達服務lncRNA抑制服務lncRNA技術服務miRNA測序服務miRNA芯片服務miRNA定量PCR驗證miRNA過表達服務miRNA抑制服務miRNA靶基因驗證服務miRNA技術服務環狀RNA測序服務環狀RNA芯片服務環狀RNA定量PCR驗證環狀RNA過表達服務環狀RNA抑制服務環狀RNA技術服務轉錄組測序服務表達譜測序服務mRNA/lncRNA/環狀RNA 三合一芯片表達譜芯片服務熒光定量PCR驗證mRNA過表達服務mRNA抑制服務mRNA技術服務轉錄因子篩選服務抗體制備服務ChiP-Seq測序服務ChiP-qPCR技術服務EMSA技術服務luciferase 實驗服務轉錄因子技術服務mRNA定量PCR檢測miRNA定量PCR檢測lncRNA定量PCR檢測環狀RNA定量PCR檢測DNA拷貝數檢測相對定量PCR服務絕對定量PCR服務熒光定量PCR服務整體課題服務SNP分型檢測服務SSR/STR技術服務病毒包裝服務CRISPR/Cas9技術試劑miRNA功能研究試劑lncRNA功能研究試劑環狀RNA功能研究試劑mRNA功能研究試劑發表文獻樣品準備服務流程基金申請
全長轉錄組測序
服務詳情

  簡介

   轉錄組研究是理解生物機體功能的一個重要途徑。傳統二代轉錄組測序無法直接獲得單個RNA分子由5ˊ到3ˊ的全部序列?;赑acBio三代測序平臺的轉錄組研究,無需打斷,直接讀取反轉錄的全長cDNA,能夠有效的獲取高質量的單個RNA分子的全部序列,準確辨別二代測序無法識別的同源異構體(isoform)、同源基因、超家族基因或等位基因表達的轉錄本。

  對于人類以及動植物樣本,轉錄本長度分布會存在一定差異,一般情況下建議構建四個不同長度的文庫:1.0-2.0Kb;2.0-3.0Kb;3.0-6.0Kb;>6.0Kb,然后針對每個文庫,建議至少測序2個SMRT Cell的數據量;如需獲得較為全面的isoform信息,則建議至少測序8個SMRT Cell的數據量進行分析。

   技術優勢

     1. 直接測序即可獲得全長轉錄組序列信息,one read=one full lengh transcript;

      2. 轉錄本序列無需拼接;

      3. 獲得全面的可變剪切、融合基因以及Isoform信息。

    結果展示

    1、可變剪接

    全長轉錄組的分析結果明確地體現了可變剪接的各種形式,比二代轉錄組預測的結果要更加精確和豐富。


    2、融合基因

    全長轉錄組的融合基因分析結果(圖中的藍色部分),相比于基于基因組注釋的預測結果(綠色部分),全長轉錄組準確地定位了融合基因的存在。


    3、精確定量異構體(Isoform)的表達量

    全長轉錄組可精確分析同一基因的若干異構體的表達量,由多個紅點表示;二代轉綠組由于不能很好地分辨異構體,只能籠統地基于異構體預測結果進行定量,僅由1-2個綠點表示。

    案例分析

    目前已經采用PacBio RS II平臺開展Iso-Seq項目的物種有:人類基因組全長轉錄本研究(Nature Biotechnology, 2013),人類胚胎肝細胞全長轉錄本項目研究(PNAS, 2013),淋巴細胞全長轉錄本研究(PNAS, 2014),小面筋蛋白基因isoform測序分析(Gene, 2014),全長轉錄本測序鑒定雞的新的Isoform信息(PLOS ONE, 2014),小嘴狐猴全長轉錄本研究(BMC Genomics, 2014),歐洲烏賊全場轉錄本研究(PAGXIII, 2015),牛NK-Lysin基因家族Iso-Seq測序分析(PAGXIII, 2015),挪威云杉全長轉錄本測序完善基因組注釋信息(conference PPT, 2014)。

    樣品要求

    1. 總RNA:濃度≥200 ng/μl,總量≥10 μg;OD260/280介于1.8-2.2之間,OD260/230值應≥2.0。電泳檢測28S:18S至少大于1.5;并確保RNA無降解,無污染。

    2. 組織樣品:動物、植物、微生物總量大于500 mg的新鮮樣品(植物材料應盡量選取幼嫩部位)。采樣后將樣品立即用RNAlater和液氮速凍,保存于-80℃(保存期不超過一個月),送樣時使用干冰運輸(不超過72 h);提取RNA后經變性電泳,保證各RNA條帶清晰、比例適中、完整性好、無降解。特別要求樣品分成3份,方便后續提取,避免同一份樣品反復凍融造成樣品降解。

    3. 細胞樣品:先使用TRIzol試劑進行處理,每0.25 mL樣品(5-10×106個細胞)加入0.75 mL TRIzol試劑(可參考TRIzol試劑說明書),于-80℃保存,并提供2-3份該樣品。原則上不接收未經TRIzol處理的細胞樣品。

    4. 樣品保存期間切忌反復凍融。5. 送樣管務必標清樣品編號,管口使用Parafilm膜密封。


    參考文獻

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