细菌基因组完成图真菌基因组完成图微生物群落多样性宏基因组测序服务全长转录组测序第三代测序服务非靶向代谢组学靶向代谢组学脂质组学离子组学脂肪酸检测氨基酸检测代谢组学服务定量蛋白质组服务双向电泳服务修饰蛋白质组蛋白质芯片蛋白质谱鉴定蛋白互作检测Western Blot蛋白质组学服务高通量测序数据分析蛋白质组学数据分析代谢组学数据分析芯片数据分析GO/Pathway富集分析相关性和聚类分析共表达网络图靶基因预测调控网络图蛋白相互作用网络图生物信息学服务CRISPR/Cas9载体构建稳定细胞系构建服务模式生物制备服务CRISPR/Cas9技术服务甲基化测序服务甲基化芯片服务甲基化验证服务DNA甲基化服务lncRNA测序服务lncRNA芯片服务lncRNA定量PCR验证lncRNA过表达服务lncRNA抑制服务lncRNA技术服务miRNA测序服务miRNA芯片服务miRNA定量PCR验证miRNA过表达服务miRNA抑制服务miRNA靶基因验证服务miRNA技术服务环状RNA测序服务环状RNA芯片服务环状RNA定量PCR验证环状RNA过表达服务环状RNA抑制服务环状RNA技术服务转录组测序服务表达谱测序服务mRNA/lncRNA/环状RNA 三合一芯片表达谱芯片服务荧光定量PCR验证mRNA过表达服务mRNA抑制服务mRNA技术服务转录因子筛选服务抗体制备服务ChiP-Seq测序服务ChiP-qPCR技术服务EMSA技术服务luciferase 实验服务转录因子技术服务mRNA定量PCR检测miRNA定量PCR检测lncRNA定量PCR检测环状RNA定量PCR检测DNA拷贝数检测相对定量PCR服务绝对定量PCR服务荧光定量PCR服务整体课题服务SNP分型检测服务SSR/STR技术服务病毒包装服务CRISPR/Cas9技术试剂miRNA功能研究试剂lncRNA功能研究试剂环状RNA功能研究试剂mRNA功能研究试剂发表文献样品准备服务流程基金申请
微生物群落多样性测序服务
服务详情


简介

   环境微生物多样性检测,是以样品中的微生物群落作为整体进行研究,通过对核糖体RNA高变区域(比如16S/18S/ITS测序)或功能基因(如古菌的氨氧化基因等)进行PCR扩增和测序,然后分析相应环境下微生物群落的多样性和分布规律。

  环境微生物群落多样性分析,一般是利用MiSeq 等第二代高通量测序平台,由于其测序读长较短,测序长度无法覆盖整个16S/18S/ITS 全长。而第三代测序仪Pacbio 由于序列读长长,可完整覆盖全长区域,所以在后期的分析中可以将微生物群落分类到种(species)。


生物信息分析

1. 原始数据整理、过滤及质量评估

2. OTU生成和注释

3. 基于物种丰度分析:    ?稀释曲线    ?丰度分布曲线    ?Alpha多样性分析    ?物种丰度差异分析

4. 基于群落结构分析:   ?单样品物种分布饼图    ?多样品物种分布柱图    ?含进化关系的物种丰度 ?Beta多样性分析

5. 根据客户需求进行个性化分析


结果展示

              单样品群落结构饼图



             多样品群落结构柱状图





         多样品分类学比对树状图

                      PCA分析图



样品要求

1、样品采集:样品采集条件的一致是最为重要的环节,严格按照采样标准采样,采样后立即封存样品冷冻保存。

2、样品DNA:环境因素异常复杂,许多物质或抑制因子影响后续PCR、测序文库构建和序列测定,常规提取方法不一定适合,建议采用专用试剂盒提取。提供浓度≥20 ng/μl,总量≥500 ng的基因组DNA,并确保电泳检测无明显RNA条带,基因组条带清晰、完整;基因组DNA完全无降解;提供DNA电泳检测照片,用自封袋密封后随样品一起送样。组织样品>1.5 g。

3、样品保存期间切忌反复冻融。

4、送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。