細菌基因組完成圖真菌基因組完成圖微生物群落多樣性宏基因組測序服務全長轉錄組測序第三代測序服務非靶向代謝組學靶向代謝組學脂質組學離子組學脂肪酸檢測氨基酸檢測代謝組學服務定量蛋白質組服務雙向電泳服務修飾蛋白質組蛋白質芯片蛋白質譜鑒定蛋白互作檢測Western Blot蛋白質組學服務高通量測序數據分析蛋白質組學數據分析代謝組學數據分析芯片數據分析GO/Pathway富集分析相關性和聚類分析共表達網絡圖靶基因預測調控網絡圖蛋白相互作用網絡圖生物信息學服務CRISPR/Cas9載體構建穩定細胞系構建服務模式生物制備服務CRISPR/Cas9技術服務甲基化測序服務甲基化芯片服務甲基化驗證服務DNA甲基化服務lncRNA測序服務lncRNA芯片服務lncRNA定量PCR驗證lncRNA過表達服務lncRNA抑制服務lncRNA技術服務miRNA測序服務miRNA芯片服務miRNA定量PCR驗證miRNA過表達服務miRNA抑制服務miRNA靶基因驗證服務miRNA技術服務環狀RNA測序服務環狀RNA芯片服務環狀RNA定量PCR驗證環狀RNA過表達服務環狀RNA抑制服務環狀RNA技術服務轉錄組測序服務表達譜測序服務mRNA/lncRNA/環狀RNA 三合一芯片表達譜芯片服務熒光定量PCR驗證mRNA過表達服務mRNA抑制服務mRNA技術服務轉錄因子篩選服務抗體制備服務ChiP-Seq測序服務ChiP-qPCR技術服務EMSA技術服務luciferase 實驗服務轉錄因子技術服務mRNA定量PCR檢測miRNA定量PCR檢測lncRNA定量PCR檢測環狀RNA定量PCR檢測DNA拷貝數檢測相對定量PCR服務絕對定量PCR服務熒光定量PCR服務整體課題服務SNP分型檢測服務SSR/STR技術服務病毒包裝服務CRISPR/Cas9技術試劑miRNA功能研究試劑lncRNA功能研究試劑環狀RNA功能研究試劑mRNA功能研究試劑發表文獻樣品準備服務流程基金申請
微生物群落多樣性測序服務
服務詳情


簡介

   環境微生物多樣性檢測,是以樣品中的微生物群落作為整體進行研究,通過對核糖體RNA高變區域(比如16S/18S/ITS測序)或功能基因(如古菌的氨氧化基因等)進行PCR擴增和測序,然后分析相應環境下微生物群落的多樣性和分布規律。

  環境微生物群落多樣性分析,一般是利用MiSeq 等第二代高通量測序平臺,由于其測序讀長較短,測序長度無法覆蓋整個16S/18S/ITS 全長。而第三代測序儀Pacbio 由于序列讀長長,可完整覆蓋全長區域,所以在后期的分析中可以將微生物群落分類到種(species)。


生物信息分析

1. 原始數據整理、過濾及質量評估

2. OTU生成和注釋

3. 基于物種豐度分析:    ?稀釋曲線    ?豐度分布曲線    ?Alpha多樣性分析    ?物種豐度差異分析

4. 基于群落結構分析:   ?單樣品物種分布餅圖    ?多樣品物種分布柱圖    ?含進化關系的物種豐度 ?Beta多樣性分析

5. 根據客戶需求進行個性化分析


結果展示

              單樣品群落結構餅圖



             多樣品群落結構柱狀圖





         多樣品分類學比對樹狀圖

                      PCA分析圖



樣品要求

1、樣品采集:樣品采集條件的一致是最為重要的環節,嚴格按照采樣標準采樣,采樣后立即封存樣品冷凍保存。

2、樣品DNA:環境因素異常復雜,許多物質或抑制因子影響后續PCR、測序文庫構建和序列測定,常規提取方法不一定適合,建議采用專用試劑盒提取。提供濃度≥20 ng/μl,總量≥500 ng的基因組DNA,并確保電泳檢測無明顯RNA條帶,基因組條帶清晰、完整;基因組DNA完全無降解;提供DNA電泳檢測照片,用自封袋密封后隨樣品一起送樣。組織樣品>1.5 g。

3、樣品保存期間切忌反復凍融。

4、送樣管務必標清樣品編號,管口使用Parafilm膜密封。