細菌基因組完成圖真菌基因組完成圖微生物群落多樣性宏基因組測序服務全長轉錄組測序第三代測序服務非靶向代謝組學靶向代謝組學脂質組學離子組學脂肪酸檢測氨基酸檢測代謝組學服務定量蛋白質組服務雙向電泳服務修飾蛋白質組蛋白質芯片蛋白質譜鑒定蛋白互作檢測Western Blot蛋白質組學服務高通量測序數據分析蛋白質組學數據分析代謝組學數據分析芯片數據分析GO/Pathway富集分析相關性和聚類分析共表達網絡圖靶基因預測調控網絡圖蛋白相互作用網絡圖生物信息學服務CRISPR/Cas9載體構建穩定細胞系構建服務模式生物制備服務CRISPR/Cas9技術服務甲基化測序服務甲基化芯片服務甲基化驗證服務DNA甲基化服務lncRNA測序服務lncRNA芯片服務lncRNA定量PCR驗證lncRNA過表達服務lncRNA抑制服務lncRNA技術服務miRNA測序服務miRNA芯片服務miRNA定量PCR驗證miRNA過表達服務miRNA抑制服務miRNA靶基因驗證服務miRNA技術服務環狀RNA測序服務環狀RNA芯片服務環狀RNA定量PCR驗證環狀RNA過表達服務環狀RNA抑制服務環狀RNA技術服務轉錄組測序服務表達譜測序服務mRNA/lncRNA/環狀RNA 三合一芯片表達譜芯片服務熒光定量PCR驗證mRNA過表達服務mRNA抑制服務mRNA技術服務轉錄因子篩選服務抗體制備服務ChiP-Seq測序服務ChiP-qPCR技術服務EMSA技術服務luciferase 實驗服務轉錄因子技術服務mRNA定量PCR檢測miRNA定量PCR檢測lncRNA定量PCR檢測環狀RNA定量PCR檢測DNA拷貝數檢測相對定量PCR服務絕對定量PCR服務熒光定量PCR服務整體課題服務SNP分型檢測服務SSR/STR技術服務病毒包裝服務CRISPR/Cas9技術試劑miRNA功能研究試劑lncRNA功能研究試劑環狀RNA功能研究試劑mRNA功能研究試劑發表文獻樣品準備服務流程基金申請
細菌基因組測序
服務詳情

    簡介

  細菌基因組通常比較小,大多在5Mb以內,建議采用PacBio RS II平臺測序1SMRT Cell,獲得800Mb-1.4Gb的數據,然后對三代數據進行單獨組裝獲得基因組完成圖。以基因組大小5Mb的細菌為例,測序1SMRT Cell即可獲得160X的覆蓋度。


  三代平臺的測序錯誤來源于隨機誤差,因此可通過增加數據覆蓋度顯著降低錯誤率。根據PacBio官方提供的參考標準,當細菌/真菌基因組覆蓋度大于80X時,堿基準確度已接近99.99999%QV70),即相當于每一千萬個堿基中約發生一個堿基錯誤。以上研究方案在堿基準確度、基因組覆蓋度及組裝結果方面均可獲得較好結果。


    技術優勢

    A、GC偏好性,對于GC%正常菌株和GC%異常菌株,PacBio RS II平臺均可獲得高質量測序數據;

    B、可獲得0 gap基因組完成圖,1contig1條染色體;

    C、對于包含質粒的菌株,不僅可獲得完整的細菌基因組,還可同時獲得完整的質?;蜃樾蛄?。


    結果示例



    應用案例

    目前已經采用PacBio RS II平臺開展的細菌和真菌物種有:嗜麥芽寡養單胞菌,金黃色葡萄球菌,大腸桿菌O104,乳酸菌,空腸彎曲菌,金黃色葡萄球菌,綠膿假單胞桿菌,梭狀芽胞桿菌,耐輻射螺旋體菌,番茄潰瘍病菌,淋病奈瑟氏菌,鉤端螺旋體,甲基鹽菌,赭色鎖擲酵母,木拉科酵母,馬克斯克魯維酵母,葡萄穗霉,膠囊青霉,黃萎病菌,甘蔗鞭黑粉菌,艾滋病毒,莖菌屬,腸道沙門氏菌,幽門螺桿菌,北里孢菌,嘴突臍孢,尖端賽多孢子菌,可殺死種傳黃萎病菌等。下表2統計了應用PacBio RS II平臺開展的微生物全基因組de novo項目(統計結果截止201511月)。


    中文名
    拉丁名
    發表時間
    刊物/會議
    基因組大小
    嗜麥芽寡養單胞菌
    Stenotrophomonas maltophilia
    2015
    Antimicrob. Agents Chemother
    4.5 Mb
    金黃色葡萄球菌
    Staphylococcus aureus
    2015
    BMC Genomics
    2.87 Mb
    大腸桿菌O104
    Escherichia coli O104
    2015
    BMC Microbiology
    4.99 Mb
    乳酸菌
    Lactobacillus hokkaidonensis
    2015
    BMC Genomics
    2.28 Mb
    空腸彎曲菌
    Campylobacter jejuni
    2015
    Plos One
    1.7 Mb
    金黃色葡萄球菌
    Staphylococcus aureus
    2015
    Genome Announcements
    2.7 Mb
    綠膿假單胞桿菌
    Pseudomonas aeruginosa
    2015
    Genome Announcements
    3.6 Mb
    梭狀芽胞桿菌
    Clostridium sporogenes
    2015
    Genome Announcements
    4.1 Mb
    耐輻射螺旋體菌
    Spirosoma radiotolerans,
    2015
    Genome Announcements
    7 Mb
    番茄潰瘍病菌
    Clavibacter michiganensis
    2015
    Genome Announcements
    3.2 Mb
    淋病奈瑟氏菌
    Neisseria gonorrhoeae
    2015
    Genome Announcements
    2.2 Mb
    鉤端螺旋體
    Leptospira interrogans
    2015
    Genome Announcements
    4.2 Mb
    甲基鹽菌
    Methylohalobius crimeensis
    2015
    Genome Announcements
    3.5 Mb
    赭色鎖擲酵母
    Sporidiobolus salmonicolor
    2015
    Genome Announcements
    20.5 Mb
    木拉科酵母
    Mrakia blollopis
    2015
    Genome Announcements
    30.46 Mb
    馬克斯克魯維酵母
    Kluyveromyces marxianus
    2015
    Genome Announcements
    10.89 Mb
    葡萄穗霉
    Stachybotrys chartarum
    2015
    Genome Announcements
    41 Mb
    膠囊青霉
    Penicillium capsulatum
    2015
    Genome Announcements
    34.37 Mb
    黃萎病菌
    Verticillium dahliae
    2015
    mBio
    36 Mb
    甘蔗鞭黑粉菌
    Sporisorium scitamineum
    2015
    Plos One
    19.9 Mb
    艾滋病毒
    HIV-1
    2015
    Conference proceeding
    9 Kb
    莖菌屬
    Caulobacter henricii
    2014
    Current Microbiology
    3.9 Mb
    腸道沙門氏菌
    Salmonella enterica
    2014
    Genome Announcements
    4.79 Mb
    幽門螺桿菌
    Helicobacter pylori
    2014
    Genome Announcements
    1.6 Mb
    北里孢菌
    Kitasatospora cheerisanensis
    2014
    Genome Announcements
    8 Mb
    嘴突臍孢
    Exserohilum rostratum
    2014
    J. Clin. Microbiol
    33.8 Mb
    尖端賽多孢子菌
    Scedosporium apiospermum
    2014
    Genome Announcements
    43 Mb
    可殺死種傳黃萎病菌
    Verticillium tricorpus
    2014
    molecular plant-microbe interactions
    36 Mb



    參考文獻

    1、Abrams, A Jeanine., et al. (2015). Complete genome sequences of three Neisseria gonorrhoeae laboratory reference strains, determined using PacBio single-molecule real-time technology. Genome announcements.

    2、Badouin, Hélène., et al. (2015). "Chaos of rearrangements in the mating-type chromosomes of the anther-smut fungus Microbotryum lychnidis-dioicae." Genetics.

    3、Betancourt, Doris A., et al. (2015). "Genome sequence of Stachybotrys chartarum strain 51-11." Genome announcements.

    4、Coelho, Marco A., et al. (2015). "Draft genome sequence of Sporidiobolus salmonicolor CBS 6832, a red-pigmented basidiomycetous yeast." Genome announcements.  

    5、Faino, Luigi., et al. (2015). "Single-Molecule Real-Time Sequencing Combined with Optical Mapping Yields Completely Finished Fungal Genome." MBio.      

    6、Inokuma, Kentaro., et al. (2015). "Complete genome sequence of Kluyveromyces marxianus NBRC1777, a nonconventional thermotolerant yeast." Genome announcements.  

    7、Kim, Myung Kyum., et al. (2015). "Complete genome sequence of Spirosoma radiotolerans, a Gamma-radiation-resistant bacterium isolated from rice field in South Korea." Journal of biotechnology.  

    8、Li, Yi., et al. (2015). "Complete mitochondrial genome of the medicinal fungus Ophiocordyceps sinensis." Scientific reports.    

    9、Lu, You., et al. (2015). "Complete genome sequence of Clavibacter michiganensis subsp. insidiosus R1-1 using PacBio single-molecule real-time technology." Genome announcements.