细菌基因组完成图真菌基因组完成图微生物群落多样性宏基因组测序服务全长转录组测序第三代测序服务非靶向代谢组学靶向代谢组学脂质组学离子组学脂肪酸检测氨基酸检测代谢组学服务定量蛋白质组服务双向电泳服务修饰蛋白质组蛋白质芯片蛋白质谱鉴定蛋白互作检测Western Blot蛋白质组学服务高通量测序数据分析蛋白质组学数据分析代谢组学数据分析芯片数据分析GO/Pathway富集分析相关性和聚类分析共表达网络图靶基因预测调控网络图蛋白相互作用网络图生物信息学服务CRISPR/Cas9载体构建稳定细胞系构建服务模式生物制备服务CRISPR/Cas9技术服务甲基化测序服务甲基化芯片服务甲基化验证服务DNA甲基化服务lncRNA测序服务lncRNA芯片服务lncRNA定量PCR验证lncRNA过表达服务lncRNA抑制服务lncRNA技术服务miRNA测序服务miRNA芯片服务miRNA定量PCR验证miRNA过表达服务miRNA抑制服务miRNA靶基因验证服务miRNA技术服务环状RNA测序服务环状RNA芯片服务环状RNA定量PCR验证环状RNA过表达服务环状RNA抑制服务环状RNA技术服务转录组测序服务表达谱测序服务mRNA/lncRNA/环状RNA 三合一芯片表达谱芯片服务荧光定量PCR验证mRNA过表达服务mRNA抑制服务mRNA技术服务转录因子筛选服务抗体制备服务ChiP-Seq测序服务ChiP-qPCR技术服务EMSA技术服务luciferase 实验服务转录因子技术服务mRNA定量PCR检测miRNA定量PCR检测lncRNA定量PCR检测环状RNA定量PCR检测DNA拷贝数检测相对定量PCR服务绝对定量PCR服务荧光定量PCR服务整体课题服务SNP分型检测服务SSR/STR技术服务病毒包装服务CRISPR/Cas9技术试剂miRNA功能研究试剂lncRNA功能研究试剂环状RNA功能研究试剂mRNA功能研究试剂发表文献样品准备服务流程基金申请
细菌基因组测序
服务详情

    简介

  细菌基因组通常比较小,大多在5Mb以内,建议采用PacBio RS II平台测序1SMRT Cell,获得800Mb-1.4Gb的数据,然后对三代数据进行单独组装获得基因组完成图。以基因组大小5Mb的细菌为例,测序1SMRT Cell即可获得160X的覆盖度。


  三代平台的测序错误来源于随机误差,因此可通过增加数据覆盖度显著降低错误率。根据PacBio官方提供的参考标准,当细菌/真菌基因组覆盖度大于80X时,碱基准确度已接近99.99999%QV70),即相当于每一千万个碱基中约发生一个碱基错误。以上研究方案在碱基准确度、基因组覆盖度及组装结果方面均可获得较好结果。

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    技术优势

    A、GC偏好性,对于GC%正常菌株和GC%异常菌株,PacBio RS II平台均可获得高质量测序数据;

    B、可获得0 gap基因组完成图,1contig1条染色体;

    C、对于包含质粒的菌株,不仅可获得完整的细菌基因组,还可同时获得完整的质?;蜃樾蛄?。


    结果示例



    应用案例

    目前已经采用PacBio RS II平台开展的细菌和真菌物种有:嗜麦芽寡养单胞菌,金黄色葡萄球菌,大肠杆菌O104,乳酸菌,空肠弯曲菌,金黄色葡萄球菌,绿脓假单胞杆菌,梭状芽胞杆菌,耐辐射螺旋体菌,番茄溃疡病菌,淋病奈瑟氏菌,钩端螺旋体,甲基盐菌,赭色锁掷酵母,木拉科酵母,马克斯克鲁维酵母,葡萄穗霉,胶囊青霉,黄萎病菌,甘蔗鞭黑粉菌,艾滋病毒,茎菌属,肠道沙门氏菌,幽门螺杆菌,北里孢菌,嘴突脐孢,尖端赛多孢子菌,可杀死种传黄萎病菌等。下表2统计了应用PacBio RS II平台开展的微生物全基因组de novo项目(统计结果截止201511月)。


    中文名
    拉丁名
    发表时间
    刊物/会议
    基因组大小
    嗜麦芽寡养单胞菌
    Stenotrophomonas maltophilia
    2015
    Antimicrob. Agents Chemother
    4.5 Mb
    金黄色葡萄球菌
    Staphylococcus aureus
    2015
    BMC Genomics
    2.87 Mb
    大肠杆菌O104
    Escherichia coli O104
    2015
    BMC Microbiology
    4.99 Mb
    乳酸菌
    Lactobacillus hokkaidonensis
    2015
    BMC Genomics
    2.28 Mb
    空肠弯曲菌
    Campylobacter jejuni
    2015
    Plos One
    1.7 Mb
    金黄色葡萄球菌
    Staphylococcus aureus
    2015
    Genome Announcements
    2.7 Mb
    绿脓假单胞杆菌
    Pseudomonas aeruginosa
    2015
    Genome Announcements
    3.6 Mb
    梭状芽胞杆菌
    Clostridium sporogenes
    2015
    Genome Announcements
    4.1 Mb
    耐辐射螺旋体菌
    Spirosoma radiotolerans,
    2015
    Genome Announcements
    7 Mb
    番茄溃疡病菌
    Clavibacter michiganensis
    2015
    Genome Announcements
    3.2 Mb
    淋病奈瑟氏菌
    Neisseria gonorrhoeae
    2015
    Genome Announcements
    2.2 Mb
    钩端螺旋体
    Leptospira interrogans
    2015
    Genome Announcements
    4.2 Mb
    甲基盐菌
    Methylohalobius crimeensis
    2015
    Genome Announcements
    3.5 Mb
    赭色锁掷酵母
    Sporidiobolus salmonicolor
    2015
    Genome Announcements
    20.5 Mb
    木拉科酵母
    Mrakia blollopis
    2015
    Genome Announcements
    30.46 Mb
    马克斯克鲁维酵母
    Kluyveromyces marxianus
    2015
    Genome Announcements
    10.89 Mb
    葡萄穗霉
    Stachybotrys chartarum
    2015
    Genome Announcements
    41 Mb
    胶囊青霉
    Penicillium capsulatum
    2015
    Genome Announcements
    34.37 Mb
    黄萎病菌
    Verticillium dahliae
    2015
    mBio
    36 Mb
    甘蔗鞭黑粉菌
    Sporisorium scitamineum
    2015
    Plos One
    19.9 Mb
    艾滋病毒
    HIV-1
    2015
    Conference proceeding
    9 Kb
    茎菌属
    Caulobacter henricii
    2014
    Current Microbiology
    3.9 Mb
    肠道沙门氏菌
    Salmonella enterica
    2014
    Genome Announcements
    4.79 Mb
    幽门螺杆菌
    Helicobacter pylori
    2014
    Genome Announcements
    1.6 Mb
    北里孢菌
    Kitasatospora cheerisanensis
    2014
    Genome Announcements
    8 Mb
    嘴突脐孢
    Exserohilum rostratum
    2014
    J. Clin. Microbiol
    33.8 Mb
    尖端赛多孢子菌
    Scedosporium apiospermum
    2014
    Genome Announcements
    43 Mb
    可杀死种传黄萎病菌
    Verticillium tricorpus
    2014
    molecular plant-microbe interactions
    36 Mb



    参考文献

    1、Abrams, A Jeanine., et al. (2015). Complete genome sequences of three Neisseria gonorrhoeae laboratory reference strains, determined using PacBio single-molecule real-time technology. Genome announcements.

    2、Badouin, Hélène., et al. (2015). "Chaos of rearrangements in the mating-type chromosomes of the anther-smut fungus Microbotryum lychnidis-dioicae." Genetics.

    3、Betancourt, Doris A., et al. (2015). "Genome sequence of Stachybotrys chartarum strain 51-11." Genome announcements.

    4、Coelho, Marco A., et al. (2015). "Draft genome sequence of Sporidiobolus salmonicolor CBS 6832, a red-pigmented basidiomycetous yeast." Genome announcements.  

    5、Faino, Luigi., et al. (2015). "Single-Molecule Real-Time Sequencing Combined with Optical Mapping Yields Completely Finished Fungal Genome." MBio.      

    6、Inokuma, Kentaro., et al. (2015). "Complete genome sequence of Kluyveromyces marxianus NBRC1777, a nonconventional thermotolerant yeast." Genome announcements.  

    7、Kim, Myung Kyum., et al. (2015). "Complete genome sequence of Spirosoma radiotolerans, a Gamma-radiation-resistant bacterium isolated from rice field in South Korea." Journal of biotechnology.  

    8、Li, Yi., et al. (2015). "Complete mitochondrial genome of the medicinal fungus Ophiocordyceps sinensis." Scientific reports.    

    9、Lu, You., et al. (2015). "Complete genome sequence of Clavibacter michiganensis subsp. insidiosus R1-1 using PacBio single-molecule real-time technology." Genome announcements.